유레카 소프트가 「니에와 마녀와 세상의 끝」을 무사히 발매하고 1년 반, 지속적으로 판매가 이어진 결과 팬디스크를 제작하기로 결정됐다.
마리는 조국의 사정으로 돌아갔기 때문에 아이는 SD 원화, 코코로는 (사키의 독단으로) 팬디스크 플롯 작성을 맡게 되어 저번과는 다르게 '직접 창작한다'는 중요한 임무를 맡게 된다.
두 사람이 어릴 적부터 꿈꿔왔던 '아이가 그림을 그리고 코코로가 스토리를 지은 두 사람의 게임' 제작이 보람 이상으로 무거운 부담으로 다가오게 되는데.

마법따윈 없는 이 세상에서 두 사람은 세상(게임)을 만들어낼 수 있을까......?

치열했던 '니에마녀'의 마스터업 이후로 몇 달간, 무겐도 사키는 안정을 느끼며 지내고 있었다.
그 괴로웠던 분투의 기억도 잊은 채, 사랑하는 오오토리 아이와 함께 해외여행을 준비하며 몸과 마음을 치유하고 있었다.
하지만 게임 개발자에게 안정이란 없다.
"시나리오 라이터가 도망갔어."
옆 PD팀에서 날아온 비통한 SOS.
유레카 소프트에 튄 불똥은 사키를 새로운 아수라장으로 이끈다.
무너진 개발 스케줄, 새로운 데드라인. 사키여, 극복할 것인가 굴복할 것인가?

아이와 함께 맹세했던 여행 계획. 이 약속, 지킬 수 있을까!?

자신의 과거와 마주하고 오오토리 아이와 맺어진 타치바나 나나.
니에마녀 발매로부터 1년이 지나자 그녀의 환경은 크게 변해있었다. 마녀역을 맡은 이후로 불이 붙어 지금은 화제의 신인으로 이름을 날릴 정도로 컸다.
그날도 유레카 소프트에서 성우잡지 기자와 인터뷰를 하던 타치바나 나나......
'이 편지를 건네주라고 부탁받았다'며 기자가 건넨 발신인 불명의 편지.
얼마 뒤 나나에게 3통의 편지가 오게 되는데, 그중 한 통은 오래 전에 세상을 등진 양어머니가 보낸 편지였다...

과거의 망령과 대치할 그녀들이 마주할 결말은...?

마리로 살아가던 과거와 결별하고 아이와의 혼인으로 오오토리 성이 된 마리아.
사원 숙소를 떠나 신혼집에서 살기 시작한 두 사람에게 주어진 새로운 일은 새 기획 원안을 작성하는 것.
처음으로 받은 일, 처음 겪는 신혼생활과 익숙하지 않은 일들 투성이지만 괜찮다. 서로가 깊은 애정만 있다면 그 어떤 것이라도 뛰어넘을 수 있다. 그렇게 굳게 믿던 두 사람이었지만, 신혼생활은 이제 막 시작했을 뿐이다.

사소한 일로 아이와 성격의 차이를 깨달은 마리아는...

여름, 아이는 호노카의 수영복 차림에 시선을 빼앗겼다.
어른스럽고, 도시적이면서, 뭐든지 잘하지만, 살짝(?) 나사가 빠진 면이 있는 유레카 소프트 사장인 그녀.
어쩌면 마음의 문을 닫아버린 여동생보다도 더 아득하게 느껴지는 호노카와의 거리.
좁혀질 리 없는 두 사람의 거리에 변화가 찾아온 것은, 겨울.
그때는 모든 것이 시작된 동인판 '니에마녀'가 탄생한 계절이기도 했다.

입김이 하얗게 새어 나오는 한겨울의 코엔지에서, 두 사람과 한 마리의 기묘한 공동생활이 시작된다...